政治經濟學、財政學、金融學、會計學、統計學、高等教育學、專門史、國際法學、分析化學、海洋生物學、海洋化學、物理化學、動物學等13個學科專業被定為國家級重點學科。
　　廈門大學擁有良好的辦學條件。學校建有固體表面物理化學國家重點實驗室、細胞生物學和腫瘤細胞工程國家專業重點實驗室、現代分析科學、海洋環境科學等教育部重點實驗室，固體表面物理化學國家重點實驗室的青年研究群體被確定為全國首批15個創新研究群體之一。還有東南亞研究中心、高等教育發展研究中心、會計發展研究中心、臺灣研究中心等4個國家文科重點研究基地。此外，有為全校服務的測試中心、計算中心、電化教學中心、研究生外語聽力室和一些現代化的專業實驗室。學校圖書館總館面積2萬多平方米，有3000多閱讀座位，總藏書量達240多萬冊，建立了光盤檢索系統，教育部在這里設立文科文獻情報中心。各個系、所建有與總館配套的專業圖書館和期刊閱覽室。校內建有供研究生和留學生專用的宿舍大樓。