廈門大學既是教育中心，又是科學研究中心。學校積極貫徹教育為現代化建設服務的方針，取得了顯著的科研成果。在自然科學和工程科學方面，1980年以來獲得國家和省部級科研成果獎多項，其中國家自然科學獎8項，國家科技發明獎和科技進步獎7項。在人文社會科學方面，自1985年以來也取得了多碩成果獎。在重視基礎理論研究的同時，強化了把科學技術轉化為生產力的工作。一批應用科技成果獲得了國家專利。這些成果為國家的改革開放和經濟建設作出了積極的貢獻。 
 　　廈門大學建有化學、生物學、應用經濟學、理論經濟學、海洋科學、工商管理、物理學七個博士后流動站，覆蓋了17個博士點。